ژوهشکده هماتولوژی، انکولوژی و پیوند سلول های بنیادی شامل بخش های زیر می باشد:

1) بخش مدیکال انکولوژی واقع در طبقه اول شامل 8 تخت (2 اتاق ایزوله) ارائه دهنده خدمات به بیماران مبتلا به تومورهای توپر می باشد. 

سرپرستار این بخش سرکار خانم آگاهی هستند و 8 پرستار در این بخش مشغول کار هستند. 

2) بخش های بستری هماتولوژی واقع در طبقه سوم شامل 24 تخت (4 اتاق ایزوله) ارائه دهنده خدمات به بیماران مبتلا به اختلالات خونی  بدخیم می باشد.

سرپرستار بخش خون A سرکار خانم رحمانی و بخش خون B سرکار خانم امینیان هستند. 

در بخش خون A، چهار تخت مختص شیمی درمانی تحکیمی در قالب بستری وجود دارد و در ادامه خدمات پیوند سرپایی در این بخش آغاز خواهد شد.  

بخش خون C نیز در طبقه اول با تعداد 24 تخت به ارائه خدمت به بیماران با بیماری های بدخیم و خوش خیم خونی می پردازد. 

سرپرستار این بخش سرکار خانم کاویانی هستند. 

3) بخش های پیوند مغز استخوان (BMT) که طبق الگوی استاندارد در طبقات 4 و 5 ساخته شده است و شامل 3 بخش بزرگسالان و 1 بخش اطفال

با ظرفیت 48 تخت می باشد. هر بخش به بیماران مبتلا به اختلالات خونی بدخیم و غیر بدخیم، نقص ایمنی و نقص های متابولیک ارثی و نیز تومورهای

توپر خدمات ارائه می دهد. تمامی انواع پیوند سلول های بنیادی در این بخش ها با استاندارهای بین المللی ارائه می شود. 

در حال حاضر به طور میانگین بیش از 400 پیوند در هر سال انجام می شود.

سرپرستاران بخش های پیوند 1 تا 4 به ترتیب، سرکار خانم مشهدی رصا، سرکار خانم شایگان، سرکار خانم حسینی و سرکار خانم عبدلی هستند.

4) پژوهشکده تقریبا 20 تخت بستری در اورژانس (ED) است که به بیماران مبتلا به سرطان و اختلالات خونی اختصاص دارد.